بهترین روش برای نگهداری هیدروژن، سرد کردن و بالابردن فشار آن از طریق کمپرسورهای مخصوص است. وقتی هیدروژن با فشار استاندارد به جایگاه رسید، باید به یک کمپرسور منتقل شود که هیدروژن را با فشاری در حدود ۷۰۰ بار (معادل ۶۹۰ اتمسفر؛ یعنی تقریبا ۷۰۰ برابر فشردهتر از هوای محیط در ارتفاع صفر ازسطح دریا) در مخازن نگهداری میکند.
برگرداندن هیدروژن مایع به حالت گاز برای رسیدن به فشار عادی، صرفا نیازمند یک سیستم گرمکنندهی ساده، موسوم به برج تبخیر (vaporizer tower) است. اتمام سوختگیری یک خودرو زمانی خواهد بود که فشارمخزن خودرو به عددی برسد که توسط شرکت سازنده تعیین شده است. هماکنون ۲ عدد رسمی برای فشار استاندارد مخزن سوخت یک خودروی هیدروژنی مورد قبول خودروسازان جهان قرار گرفته است که عباتند از H70 و H35 که نوع اول، دو برابر هیدروژن ذخیره میکند. H70 به فشار ۷۰ مگاپاسکال در مخزن خودرو اشاره دارد که معادل دیگری برای فشار ۷۰۰ بار است. اگر بخواهیم توضیحی عملی برای حجم مخزن سوخت خودروهای هیدروژنی بدهیم، به عنوان مثال مدل میرای (Mirai) ساخت تویوتا که مخزن آن از نوع H70 است، با یک بار سوختگیری کامل، میتواند نزدیک به ۴۵۰ کیلومتر مسافت طی کند.
همانطور که برای ذخیره بنزین در جایگاههای سوختگیری، مخازن بزرگی مورد نیاز است، برای هیدروژن هم چنین منابعی لازم خواهد بود؛ با این تفاوت که نشت بنزین علاوه بر اثرات زیست محیطی خطرناک برای گیاهان و جانداران، قابلیت انفجار و آتشسوزی بالایی دارد، در حالیکه هیدروژن به دلیل وزن مخصوص سبکتر از هوا، بلافاصله بخار میشود و اثری منفی بر محیط زیست ندارد. پس مخازن سوخت هیدروژن در ایستگاههای سوختگیری آن، میتواند با هزینهای کمتر از تانکرهای زیرزمینی بنزین، روی سطح قرار بگیرند.
شاید مهمترین قسمت در یک ایستگاه سوختگیری هیدروژنی، فرایند انتقال آن از مخزن جایگاه به مخزن خودرو باشد، کاری که برای بنزین به راحتی با پمپ انجام میشود، برای هیدروژن نیازمند سیستمی دقیق شبیه به پمپ گاز CNG و البته کمی پیچیدهتر است. هیدروژن در فشار ۲۰۰ اتمسفر داخل مخزن جایگاه ذخیره میشود و باید کمی گرم شود تا به پمپ کنار خودرو برسد و بعد مجددا سرد شود تا بتواند با سرعت از طریق یک کمپرسور با فشار به مخزن سوخت خودرو تزریق شود. با این اوصاف فرایند سوختگیری کامل یک خودروی هیدروژن هرچند از فناوری سادهای برخوردار نیست، در عوض بسیار دقیقتر و ایمنتر از پرکردن باک بنزین خواهد بود.